次世代シークエンシング解析システム一式
基本情報
- 調達機関および所在地
- 国立大学法人 (宮城県)
- 公示日
- 2023年02月13日
- 公示の種類
- 資料提供招請に関する公表
- 機関名詳細および所在地詳細
- 国立大学法人東北大学理事 植木 俊哉
詳細情報
資料提供招請に関する公表
次のとおり物品の導入を予定していますので、当該導入に関して資料等の提供を招請します。
令和5年2月 13 日
国立大学法人東北大学理事 植木 俊哉
◎調達機関番号 415 ◎所在地番号 04
○第9号
1 調達内容
(1) 品目分類番号 24
(2) 導入計画物品及び数量 次世代シークエンシング解析システム 一式
(3) 調達方法 購入等
(4) 導入予定時期 令和5年度8月以降
(5) 調達に必要とされる基本的な要求要件
A)塩基配列読み取り方式は、Sequence by Synthesis(SBS)ケミストリー法を採用していること。
B)読み取りは、532nmと457nmの2波長のレーザーを使用できること。
C)2フローセル以上の解析を同時に行うことができること。
D)読み取りの片側塩基長は、50、100、150塩基を含む複数の塩基長から設定できること。
E)塩基の読み取り方法について、同一DNA 断片の両側からの読み取り方式(ペアエンド解析)を選択できること。
F)適切なフローセルを用いて150塩基のペアエンド解析を行う場合、16兆塩基以上のデータが出力できること。
G)ペアエンド解析を行う場合、一回のラン当たり520億リード以上のDNA配列データを得られる機能を有すること。
H)ペアエンド解析を行う場合、150塩基ずつ読み取れる機能を有すること。
I)50塩基のペアエンド解析時のクオリティスコアは、PhredスケールでQ30以上の塩基が90%以上であること。
(6) )150塩基のペアエンド解析時のクオリティスコアは、PhredスケールでQ30以上の塩基が85%以上であること。
K)150塩基のペアエンド解析を行う場合、50時間以内に解析を終了する機能を有すること。
L)シーケンサー本体内に主記憶(メモリ)容量1500GB以上と物理(ストレージ)容量60TB以上のSSDを搭載し、Oracle8相当以上のオペレーティングシステムで稼働する解析用コンピュータが内蔵されていること。
M)全ゲノムシーケンス、エクソームシーケンスやトランスクリプトーム発現解析などのアプリケーションに対応したバイオインフォマティクス二次解析パイプラインがシステム内に組み込まれていること。
2 資料及びコメントの提供方法 上記1?の物品に関する一般的な参考資料及び同?の要求要件等に関するコメント並びに提供可能なライブラリーに関する資料等の提供を招請する。
(1) 資料等の提供期限 令和5年3月16日 (2023年3月16日)17時00分(郵送の場合は必着のこと。)
(2) 提供先 〒980―8577仙台市青葉区片平2―1―1 📍 東北大学財務部調達課調達第一係長 秋山 茂絋 電話022―217―4869
3 説明書の交付 本公表に基づき応募する供給者に対して導入説明書を交付する。
(1) 交付期間 令和5年2月13日 (2023年2月13日)から令和5年3月16日 (2023年3月16日)まで。
(2) 交付場所 上記2?に同じ。
4 説明会の開催 本公表に基づく導入説明会を開催する。
(1) 開催日時 令和5年2月24日 (2023年2月24日)10時00分
(2) 開催場所 オンライン開催とする。(詳細は、導入説明書による。)
5 その他 この導入計画の詳細は導入説明書による。なお、本公表内容は予定であり、変更することがあり得る。
次のとおり物品の導入を予定していますので、当該導入に関して資料等の提供を招請します。
令和5年2月 13 日
国立大学法人東北大学理事 植木 俊哉
◎調達機関番号 415 ◎所在地番号 04
○第9号
1 調達内容
(1) 品目分類番号 24
(2) 導入計画物品及び数量 次世代シークエンシング解析システム 一式
(3) 調達方法 購入等
(4) 導入予定時期 令和5年度8月以降
(5) 調達に必要とされる基本的な要求要件
A)塩基配列読み取り方式は、Sequence by Synthesis(SBS)ケミストリー法を採用していること。
B)読み取りは、532nmと457nmの2波長のレーザーを使用できること。
C)2フローセル以上の解析を同時に行うことができること。
D)読み取りの片側塩基長は、50、100、150塩基を含む複数の塩基長から設定できること。
E)塩基の読み取り方法について、同一DNA 断片の両側からの読み取り方式(ペアエンド解析)を選択できること。
F)適切なフローセルを用いて150塩基のペアエンド解析を行う場合、16兆塩基以上のデータが出力できること。
G)ペアエンド解析を行う場合、一回のラン当たり520億リード以上のDNA配列データを得られる機能を有すること。
H)ペアエンド解析を行う場合、150塩基ずつ読み取れる機能を有すること。
I)50塩基のペアエンド解析時のクオリティスコアは、PhredスケールでQ30以上の塩基が90%以上であること。
(6) )150塩基のペアエンド解析時のクオリティスコアは、PhredスケールでQ30以上の塩基が85%以上であること。
K)150塩基のペアエンド解析を行う場合、50時間以内に解析を終了する機能を有すること。
L)シーケンサー本体内に主記憶(メモリ)容量1500GB以上と物理(ストレージ)容量60TB以上のSSDを搭載し、Oracle8相当以上のオペレーティングシステムで稼働する解析用コンピュータが内蔵されていること。
M)全ゲノムシーケンス、エクソームシーケンスやトランスクリプトーム発現解析などのアプリケーションに対応したバイオインフォマティクス二次解析パイプラインがシステム内に組み込まれていること。
2 資料及びコメントの提供方法 上記1?の物品に関する一般的な参考資料及び同?の要求要件等に関するコメント並びに提供可能なライブラリーに関する資料等の提供を招請する。
(1) 資料等の提供期限 令和5年3月16日 (2023年3月16日)17時00分(郵送の場合は必着のこと。)
(2) 提供先 〒980―8577仙台市青葉区片平2―1―1 📍 東北大学財務部調達課調達第一係長 秋山 茂絋 電話022―217―4869
3 説明書の交付 本公表に基づき応募する供給者に対して導入説明書を交付する。
(1) 交付期間 令和5年2月13日 (2023年2月13日)から令和5年3月16日 (2023年3月16日)まで。
(2) 交付場所 上記2?に同じ。
4 説明会の開催 本公表に基づく導入説明会を開催する。
(1) 開催日時 令和5年2月24日 (2023年2月24日)10時00分
(2) 開催場所 オンライン開催とする。(詳細は、導入説明書による。)
5 その他 この導入計画の詳細は導入説明書による。なお、本公表内容は予定であり、変更することがあり得る。