スーパーコンピュータシステム一式
基本情報
- 調達機関および所在地
- 国立大学法人 (京都府)
- 公示日
- 2022年08月12日
- 公示の種類
- 資料提供招請に関する公表
- 機関名詳細および所在地詳細
- 国立大学法人京都大学長 湊 長博
詳細情報
資料提供招請に関する公表
次のとおり物品の導入を予定していますので、当該導入に関して資料等の提供を招請します。
令和4年8月 12 日
国立大学法人京都大学長 湊 長博
◎調達機関番号 415 ◎所在地番号 26
○第3号
1 調達内容
(1) 品目分類番号 14
(2) 導入計画物品及び数量
スーパーコンピュータシステム 一式
(3) 調達方法 借入
(4) 導入予定時期 令和5年度1月以降
(5) 調達に必要とされる基本的な要求要件
(6) 今回導入予定のスーパーコンピュータシステムは、現在使用しているスーパーコンピュータシステムを次世代の計算化学・ゲノム科学に対応すべく拡張するものであり、以下の構成を要する。システムはゲノムネット計算サーバ、化学計算サーバ、ログインサーバ、ゲノムネット公開サーバ、ゲノムネット開発サーバ、基盤サーバ、システム管理サーバからなる7つのサーバ群と、高速アクセス用分散ファイルシステム、大容量ネットワークファイルシステムからなる2つのネットワークディスク装置、ディザスターリカバリー用バックアップストレージ、ネットワーク装置、無停電電源装置、冷却設備で構成される。システムはLinux環境で運用され、以下に示す全ての要件を満たす。
(7) ゲノムネット計算サーバは、2ノード以上からなるシステムAと60ノード以上からなるシステムBで構成される。
(8) システムAの各ノードは、理論演算性能は57.1TFLOPS以上であり、共有メモリ方式で24TiB以上の主記憶容量を備えていること。また、NVM Express規格のSSDを50TB以上有すること。
(9) システムBの各ノードは、56以上のCPUコアを有し、理論演算性能が4.00TFLOPS以上であること。システムBはノードあたり512GiB以上の主記憶容量を備えた40以上のノード、及びノードあたり1TiB以上の主記憶容量を備えた20以上のノードから構成されること。
(10) システムA、Bともに、計算生物学関連、特にゲノム解析関連のソフトウェアが整備されていること。
(11) 化学計算サーバは、44ノード以上からなるシステムAと36ノード以上からなるシステムBで構成される。
(12) システムA、Bの各ノードは、56以上のCPUコアを有し、理論演算性能が4.00TFLOPS以上であること。256GiB以上の主記憶容量を備えていること。
(13) システムBの各ノードは、NVIDIA A100(80GBメモリ)相当以上のGPUを1式以上備えていること。Cudaライブラリが使えること。
(14) システムA、Bともに、計算化学関連のソフトウェアが整備されていること。
(15) ログインサーバは3ノード以上からなり、1ノードあたり16以上のCPUコアを有し、理論演算性能が3.10TFLOPS以上であり、512GiB以上の主記憶容量を備えていること。各ノードは、NVIDIA A100(80GBメモリ)相当以上のGPUを1式以上備えていること。Cudaライブラリが使えること。
(16) ゲノムネット公開サーバは6ノード以上からなり、各ノードは64以上のCPUコアを有し、768GiB以上の主記憶容量を備えていること。
(17) ゲノムネット開発サーバは4ノード以上からなり、各ノードは64以上のCPUコアを有し、1.5TiB以上の主記憶容量を備えていること。
(18) 基盤サーバは15ノード以上で構成される。
(19) 開発サーバ:64以上のCPUコアを有し、1.0TiB以上の主記憶容量を有するノードを2ノード以上備えること。
(20) データベースサーバ:16以上のCPUコアを有し、256GiB以上の主記憶容量を有するノードを2ノード以上備えること。各コアは3.6GHz以上で動作すること。リレーショナルデータベースシステムを提供すること。
(21) 仮想サーバ:32以上のCPUコアを有し、512GiB以上の主記憶容量を有するノードを2ノード以上備えること。本学が指定するゲノムネットサービスの一部(GenomeNet/Feedback、varDB等)を動作させること。
(22) 運用管理サーバA:32以上のCPUコアを有し、256GiB以上の主記憶容量を有するノードを3ノード以上備えること。
(23) 運用管理サーバB:32以上のCPUコアを有し、512GiB以上の主記憶容量を有するノードを6ノード以上備えること。ネームサーバ、メールサーバ、ウェブサーバとしての機能を備えること。
(24) システム管理サーバは2ノード以上からなり、各ノードは24以上のCPUコアを有し、128GiB以上の主記憶容量を備えていること。
(25) 7つのサーバ群において、Linuxオペレーティングシステムが動作すること。
(26) ゲノムネット計算サーバ、化学計算サーバ、ログインサーバにおいて、Fortran、C、C++などのプログラミング言語が処理可能であり、自動並列化機能、OpenMP規格4.0に準拠した並列化機能を有すること。MPI3.0以上に準拠したライブラリを有し、複数ノードによるMPI並列計算が可能であること。
(27) GPU搭載ノードにおいては、GPUに最適化されたプログラミング言語が処理可能であること。
(28) ネットワークディスク装置は、物理容量4PB以上かつ実効容量1PB以上の大容量ネットワークファイルシステムと物理容量14PB以上かつ実効容量10PB以上の高速アクセス用分散ファイルシステムからなること。
(29) ゲノムネット計算サーバのシステムA、ログインサーバ、ゲノムネット公開サーバ、ゲノムネット開発サーバ、基盤サーバ、システム管理サーバは、10Gbps以上の高速ネットワークでサーバ接続用ネットワークを構成すること。サーバ接続用ネットワークはファイアウォールを介して学内LAN(KUINS)及びSINETに接続すること。また、外部からのアクセス用にVPN装置を備えること。
(30) ゲノムネット計算サーバ、化学計算サーバ、ログインサーバ、ゲノムネット公開サーバ、ゲノムネット開発サーバ、基盤サーバ、システム管理サーバ及び大容量ネットワークファイルシステムは10Gbps以上の高速ネットワークでNAS接続ネットワークを構成すること。
(31) ゲノムネット計算サーバ、化学計算サーバ、ログインサーバ、ゲノムネット公開サーバ、ゲノムネット開発サーバ、運用管理サーバBを除く基盤サーバ、システム管理サーバ及び高速アクセス用分散ファイルシステムを200Gbps以上のネットワークで接続すること。
(32) 7つのサーバ群と2つのネットワークディスク装置、ネットワーク装置は無停電電源装置に接続されており、5分程度の瞬間停電時にもシステムの継続運用が可能であること。
(33) システムを安定稼働するために十分な冷却能力を備えること。消費電力を抑制するための対策を講じること。
(34) ディザスターリカバリー用バックアップストレージとして物理容量1.4PB以上かつ実効容量1PB以上を備えること。
(35) ディザスターリカバリー用バックアップストレージ専用の無停電電源装置を備え、5分程度の瞬間停電時にもシステムの継続運用が可能であること。
(36) 講習会用のノートPCを15台備えること。
2 資料及びコメントの提供方法 上記1?の物品に関する一般的な参考資料及び同?の要求要件等に関するコメント並びに提供可能なライブラリーに関する資料等の提供を招請する。
(1) 資料等の提供期限 令和4年9月16日 (2022年9月16日)17時00分(郵送の場合は必着のこと。)
(2) 提供先 〒611―0011京都府宇治市五ケ庄 京都大学宇治地区事務部経理課調達・経理掛 岡井 成幸 電話0774―38―3375 📍
3 説明書の交付 本公表に基づき応募する供給者に対して導入説明書を交付する。
(1) 交付期間 令和4年8月12日 (2022年8月12日)から令和4年9月16日 (2022年9月16日)まで。
(2) 交付場所 上記2?に同じ。
4 説明会の開催 本公表に基づく導入説明会を開催する。
(1) 開催日時 令和4年8月29日 (2022年8月29日)11時00分
(2) 開催場所 京都大学化学研究所会議室 CB207
5 その他 この導入計画の詳細は導入説明書による。なお、本公表内容は予定であり、変更することがあり得る。
次のとおり物品の導入を予定していますので、当該導入に関して資料等の提供を招請します。
令和4年8月 12 日
国立大学法人京都大学長 湊 長博
◎調達機関番号 415 ◎所在地番号 26
○第3号
1 調達内容
(1) 品目分類番号 14
(2) 導入計画物品及び数量
スーパーコンピュータシステム 一式
(3) 調達方法 借入
(4) 導入予定時期 令和5年度1月以降
(5) 調達に必要とされる基本的な要求要件
(6) 今回導入予定のスーパーコンピュータシステムは、現在使用しているスーパーコンピュータシステムを次世代の計算化学・ゲノム科学に対応すべく拡張するものであり、以下の構成を要する。システムはゲノムネット計算サーバ、化学計算サーバ、ログインサーバ、ゲノムネット公開サーバ、ゲノムネット開発サーバ、基盤サーバ、システム管理サーバからなる7つのサーバ群と、高速アクセス用分散ファイルシステム、大容量ネットワークファイルシステムからなる2つのネットワークディスク装置、ディザスターリカバリー用バックアップストレージ、ネットワーク装置、無停電電源装置、冷却設備で構成される。システムはLinux環境で運用され、以下に示す全ての要件を満たす。
(7) ゲノムネット計算サーバは、2ノード以上からなるシステムAと60ノード以上からなるシステムBで構成される。
(8) システムAの各ノードは、理論演算性能は57.1TFLOPS以上であり、共有メモリ方式で24TiB以上の主記憶容量を備えていること。また、NVM Express規格のSSDを50TB以上有すること。
(9) システムBの各ノードは、56以上のCPUコアを有し、理論演算性能が4.00TFLOPS以上であること。システムBはノードあたり512GiB以上の主記憶容量を備えた40以上のノード、及びノードあたり1TiB以上の主記憶容量を備えた20以上のノードから構成されること。
(10) システムA、Bともに、計算生物学関連、特にゲノム解析関連のソフトウェアが整備されていること。
(11) 化学計算サーバは、44ノード以上からなるシステムAと36ノード以上からなるシステムBで構成される。
(12) システムA、Bの各ノードは、56以上のCPUコアを有し、理論演算性能が4.00TFLOPS以上であること。256GiB以上の主記憶容量を備えていること。
(13) システムBの各ノードは、NVIDIA A100(80GBメモリ)相当以上のGPUを1式以上備えていること。Cudaライブラリが使えること。
(14) システムA、Bともに、計算化学関連のソフトウェアが整備されていること。
(15) ログインサーバは3ノード以上からなり、1ノードあたり16以上のCPUコアを有し、理論演算性能が3.10TFLOPS以上であり、512GiB以上の主記憶容量を備えていること。各ノードは、NVIDIA A100(80GBメモリ)相当以上のGPUを1式以上備えていること。Cudaライブラリが使えること。
(16) ゲノムネット公開サーバは6ノード以上からなり、各ノードは64以上のCPUコアを有し、768GiB以上の主記憶容量を備えていること。
(17) ゲノムネット開発サーバは4ノード以上からなり、各ノードは64以上のCPUコアを有し、1.5TiB以上の主記憶容量を備えていること。
(18) 基盤サーバは15ノード以上で構成される。
(19) 開発サーバ:64以上のCPUコアを有し、1.0TiB以上の主記憶容量を有するノードを2ノード以上備えること。
(20) データベースサーバ:16以上のCPUコアを有し、256GiB以上の主記憶容量を有するノードを2ノード以上備えること。各コアは3.6GHz以上で動作すること。リレーショナルデータベースシステムを提供すること。
(21) 仮想サーバ:32以上のCPUコアを有し、512GiB以上の主記憶容量を有するノードを2ノード以上備えること。本学が指定するゲノムネットサービスの一部(GenomeNet/Feedback、varDB等)を動作させること。
(22) 運用管理サーバA:32以上のCPUコアを有し、256GiB以上の主記憶容量を有するノードを3ノード以上備えること。
(23) 運用管理サーバB:32以上のCPUコアを有し、512GiB以上の主記憶容量を有するノードを6ノード以上備えること。ネームサーバ、メールサーバ、ウェブサーバとしての機能を備えること。
(24) システム管理サーバは2ノード以上からなり、各ノードは24以上のCPUコアを有し、128GiB以上の主記憶容量を備えていること。
(25) 7つのサーバ群において、Linuxオペレーティングシステムが動作すること。
(26) ゲノムネット計算サーバ、化学計算サーバ、ログインサーバにおいて、Fortran、C、C++などのプログラミング言語が処理可能であり、自動並列化機能、OpenMP規格4.0に準拠した並列化機能を有すること。MPI3.0以上に準拠したライブラリを有し、複数ノードによるMPI並列計算が可能であること。
(27) GPU搭載ノードにおいては、GPUに最適化されたプログラミング言語が処理可能であること。
(28) ネットワークディスク装置は、物理容量4PB以上かつ実効容量1PB以上の大容量ネットワークファイルシステムと物理容量14PB以上かつ実効容量10PB以上の高速アクセス用分散ファイルシステムからなること。
(29) ゲノムネット計算サーバのシステムA、ログインサーバ、ゲノムネット公開サーバ、ゲノムネット開発サーバ、基盤サーバ、システム管理サーバは、10Gbps以上の高速ネットワークでサーバ接続用ネットワークを構成すること。サーバ接続用ネットワークはファイアウォールを介して学内LAN(KUINS)及びSINETに接続すること。また、外部からのアクセス用にVPN装置を備えること。
(30) ゲノムネット計算サーバ、化学計算サーバ、ログインサーバ、ゲノムネット公開サーバ、ゲノムネット開発サーバ、基盤サーバ、システム管理サーバ及び大容量ネットワークファイルシステムは10Gbps以上の高速ネットワークでNAS接続ネットワークを構成すること。
(31) ゲノムネット計算サーバ、化学計算サーバ、ログインサーバ、ゲノムネット公開サーバ、ゲノムネット開発サーバ、運用管理サーバBを除く基盤サーバ、システム管理サーバ及び高速アクセス用分散ファイルシステムを200Gbps以上のネットワークで接続すること。
(32) 7つのサーバ群と2つのネットワークディスク装置、ネットワーク装置は無停電電源装置に接続されており、5分程度の瞬間停電時にもシステムの継続運用が可能であること。
(33) システムを安定稼働するために十分な冷却能力を備えること。消費電力を抑制するための対策を講じること。
(34) ディザスターリカバリー用バックアップストレージとして物理容量1.4PB以上かつ実効容量1PB以上を備えること。
(35) ディザスターリカバリー用バックアップストレージ専用の無停電電源装置を備え、5分程度の瞬間停電時にもシステムの継続運用が可能であること。
(36) 講習会用のノートPCを15台備えること。
2 資料及びコメントの提供方法 上記1?の物品に関する一般的な参考資料及び同?の要求要件等に関するコメント並びに提供可能なライブラリーに関する資料等の提供を招請する。
(1) 資料等の提供期限 令和4年9月16日 (2022年9月16日)17時00分(郵送の場合は必着のこと。)
(2) 提供先 〒611―0011京都府宇治市五ケ庄 京都大学宇治地区事務部経理課調達・経理掛 岡井 成幸 電話0774―38―3375 📍
3 説明書の交付 本公表に基づき応募する供給者に対して導入説明書を交付する。
(1) 交付期間 令和4年8月12日 (2022年8月12日)から令和4年9月16日 (2022年9月16日)まで。
(2) 交付場所 上記2?に同じ。
4 説明会の開催 本公表に基づく導入説明会を開催する。
(1) 開催日時 令和4年8月29日 (2022年8月29日)11時00分
(2) 開催場所 京都大学化学研究所会議室 CB207
5 その他 この導入計画の詳細は導入説明書による。なお、本公表内容は予定であり、変更することがあり得る。