大規模ゲノムコホート解析システム 一式
基本情報
- 調達機関および所在地
- 国立大学法人 (宮城県)
- 公示日
- 2012年10月16日
- 公示の種類
- 資料提供招請に関する公表
- 機関名詳細および所在地詳細
- 国立大学法人東北大学理事 佃 良彦
詳細情報
次のとおり物品の導入を予定していますので、当該導入に関して資料等の提
供を招請します。
平成 24 年 10 月 16 日
国立大学法人東北大学理事 佃 良彦
◎調達機関番号 415 ◎所在地番号 04
○第6号
1 調達内容
(1) 品目分類番号 14
(2) 導入計画物品及び数量
大規模ゲノムコホート解析システム 一式
(3) 調達方法 購入等
(4) 導入目的 大震災からの復興に資するべく、東北地区の地域医療の
再生と大規模コホート研究を2つの柱とした東北メディカル・メガバンク計画
が立案された。その柱の1つであるコホート研究では、3世代の家系情報を用
いる垂直コホートと地域検診と連携した地域コホートを特徴とした、約15万
人の個人ゲノムの解読によるゲノムコホートが推し進められている。また、ゲ
ノム配列解析によるゲノム情報と診療/健康情報、血液などのサンプルを匿名
化して一元管理するバイオバンクの整備が進められている。このバイオバンク
は、臨床医学研究の進行に必須の基盤であり、これらの情報を解析することに
より、疾患・薬効と遺伝子変異との関係を明らかにし、生活習慣病などの疾患
予防に役立てるとともに、ゲノムベースでの個別化医療の実現のための基盤と
なる。個人ゲノム配列を解読し、表現型情報、疾患・薬効と遺伝子変異との関
係を明らかにするためには、新型シークエンサでの塩基配列解読後、マッピン
グ、アセンブル、多型解析、遺伝統計解析、医療情報との統合解析等の一連の
解析を行う必要があるが、新型シークエンサでは大量のデータが産出され、通
常の計算機では解析に時間を要し大規模なゲノムコホートを展開することが不
可能となる。そこで、匿名化されたゲノムコデータをセキュアに管理し、大規
模な解析を行うために必要な計算機システムを調達するものである。
(5) 導入予定時期 平成25年度10月以降
(6) 調達に必要とされる基本的な要求要件
A 本システムは、共有メモリ型大規模サーバ1式(医療情報解析サーバ
)及び分散メモリ型サーバ1式(ゲノム解析サーバー)、分散メモリ型web
サーバ1式、高速磁気ディスクアレイ装置1式、DNSサーバ1式、LDAP
サーバ1式及び複数台のワークステーションから構成され、高速ネットワーク
システムにより一体化したシステム運用が可能であること。
B 共有メモリ型サーバは、256以上のCPUコアを有し、4TB以上
の主記憶容量を有すること。500TB以上のRAID対応高速磁気ディスク
アレイ装置を備えていること。
C 分散メモリ型サーバは、1ノード当たり16個以上のCPUコア及び
128GB以上の主記憶容量を有し、250GB以上のソリッドステートドラ
イブ(SSD)を備え、全体で640ノード以上を有すること。
D 分散メモリ型webサーバは、1ノード当たり16個以上のCPUコ
ア及び128GB以上の主記憶容量を有し、20TB以上の磁気ディスク装置
を備え、全体で8ノード以上を有すること。
E 高速磁気ディスクアレイ装置は、RAID6で実効30PB以上を有
し、すべてのサーバから高速にアクセス可能なこと。ただし、その一部(10
PB)は解析用のため、非NFSの高速共有ファイルシステムで構成されてい
ること。残り20PBは保存用ストレージとして拡張性が重要となる。
F 高速ネットワークシステムは各サーバを10Gbps以上の通信性能
で接続できること。
G 現有ソフトウェア資産の移植などの新システムへの移行性については
十分な配慮を行うこと。
2 資料及びコメントの提供方法 上記1(2)の物品に関する一般的な参考
資料及び同(6)の要求要件等に関するコメント並びに提供可能なライブラリ
ーに関する資料等の提供を招請する。
(1) 資料等の提供期限 平成24年11月30日 (2012年11月30日)17時00分(郵送の
場合は必着のこと。)
(2) 提供先 〒980―8577仙台市青葉区片平2―1―1 📍 東北
大学財務部調達室調達第一係長 菊地 崇 電話022―217―4869
3 説明書の交付 本公表に基づき応募する供給者に対して導入説明書を交付
する。
(1) 交付期間 平成24年10月16日 (2012年10月16日)から平成24年11月30日 (2012年11月30日)ま
で。
(2) 交付場所 上記2(2)に同じ。
4 説明会の開催 本公表に基づく導入説明会を開催する。
(1) 開催日時 平成24年11月2日 (2012年11月2日)14時00分
(2) 開催場所 東北大学東北メディカル・メガバンク仮設棟2階会議室
5 その他 この導入計画の詳細は導入説明書による。なお、本公表内容は予
定であり、変更することがあり得る。